空气中的阴离子可抑制人体中枢神经系统并起着调节大脑皮质功能状态的作用，然而，空调的过滤器可过多吸附空气中的阴离子，使室内的阳离子增多，阴阳离子正常比例失调造成人体生理的紊乱，导致出现临床症状。空调房间一般都较密封，这使室内空气混浊，细菌含量增加，二氧化碳等有害气体浓度增高，而对人们有益的负离子密度将会降低，如果在室内还有人抽烟，将更加剧室内空气的恶化。在这样的环境中呆得稍久必然会使人头晕目眩。
过敏性鼻炎患者长时间呆在空调屋里还有可能引起过敏性鼻炎的复发。空调房内有大量易导致过敏性鼻炎复发的物质——螨虫，而其最适宜生存在25℃左右的环境中。长期在空调房内的市民要定期开窗通风，床单被褥要经常用60℃的热水洗烫，地毯要定期吸尘，窗帘也要经常清洗。