收成果实后到出货上市前要先去除外皮、果肉、赛果皮及银皮。其方法有干燥式(也称天然法或非水洗式)与水洗式两种。
干燥式
方法较为单纯。首先将刚采下的果实广布在晒场上一两个星期，直到果实发出霹啪的声音为止，自然干燥之。之后，以脱壳机将干掉了的果肉、内果皮和银皮去除。
以这种方式精制而成的咖啡豆，呈微酸而略有苦味。几乎所有巴西产的咖啡豆、埃塞俄比亚、也门等地之咖啡豆都豆以这种方法取得的。这种方法的缺点是容易受天气的影响，以及易掺入瑕疵豆和其它杂质。因此，必须细心地加以筛选才行。
水洗式
即将收成的果实放入流动的水槽，除去浮在水面的果实之后，以果肉去除机剥除外皮和果肉。再放入水槽，将浮出的果肉去除。之后，移入发酵槽，浸泡半天至一天，再将发酵的咖啡豆表面上的胶质溶掉。
再以水洗过后，晒干数日后以机器干燥之，最后用脱壳机将内果皮去除，即成为可作为商品的生咖啡豆。用这种方式，会比干燥式的咖啡豆色泽较美，且杂质也较少。哥伦比亚、墨西哥、危地马拉等国70%左右的产量都采用此方法。
方式对比
咖啡豆采收后就进行了处理程序，否则会开始发酵，使咖啡豆产生异味。处理的方法主要是“干燥式”和“水洗式”两种，这两种方法会造成不同的风味。干燥式的豆子有完整的自然醇味、温柔的香气与较多的胶质；水洗式则有不错的醇味、高度的香气和活泼的酸味，它也是浓缩咖啡里甜味的来源。