洁净厂房建筑方式可分为土建结构和装配式两种，其中普遍采用装配式。装配式洁净厂房系统主要由初，中，高三级空气过滤的空调送风回风和 排风系统；动力及照明系统；工作环境参数的监测报警消防和通讯系统人流和物流系统；工艺管路系统；维护结构及静电地面处理等各方面所要求的实施内容组成，形成空调净化系统工程所包含的整个设备和器材的配套和建筑安装内容。
无尘车间内的洁净工作台可根据产品要求或其他用途的要求，在操作台上保持高洁净度的局部净化。洁净工作台可以在操作台的局部空间形成无菌、无尘的局部净化，其主要组成部件有预过滤器、高效过滤器、风机机组、外壳、静压箱、台面和配套的电器元器件等。无尘车间的洁净工作台的构造要求：台面，采用木质塑料贴面贴于层压板上做成台面，或采用不锈钢做台面；箱体，用热扎薄钢板与骨架气焊易变形，可采用冷轧薄板折边搭接，大电流电焊，内表面需粘贴消声材料，最大尺寸应以通过一般房门为宜；箱体密封，所有缝隙均采用密封胶密封；操作区截面应尽可能与空气过滤器送风截面相同，尽量减少盲区；风机、电机，选用高压低噪的小型风机，风机与箱体的连接采用软连接，电机及风机均应采取减振措施；灯罩，日光灯要尽量设置在灯罩内，灯罩内要通过洁净气流；预过滤器，须设置预过滤器，容量要大，在使用风量下，初阻力宜小于50Pa；高效过滤器，尽量采用大面积的过滤器，减少空气过滤器的数量，过滤器与框架之间的密封应采用封导结合的双环密封系统。
所谓无菌病房，换言之就是经过医疗净化工程升级或建设的现代层流洁净护理室，即是指通过层流净化空调系统提供的无菌无尘化环境而用以收治因骨髓移植等免疫力极度低下患者的洁净场所。虽然与平日里整天收治危重危急病人的洁净手术室相比，其表面可能看似略显平淡无常，但是实际上其每天亦在发挥着非常关键且意义重大的作用。
医疗净化工程无菌病房(层流护理室)建设，日常于医院之中主要用于预防性隔离，譬如接受过化学疗法的白血病患者，恶性肿瘤经治疗造成白血球减少的患者，再生不良性贫血造成的白血球减少的患者，接受脏器移植前后给予免疫抑制剂的患者，放射线伤害造成的白血球减少的患者以及免疫不全、严重烧伤、具有呼吸器官疾病的患者等。其目的在于预防被感染。