洁净厂房建筑方式可分为土建结构和装配式两种，其中普遍采用装配式。装配式洁净厂房系统主要由初，中，高三级空气过滤的空调送风回风和 排风系统；动力及照明系统；工作环境参数的监测报警消防和通讯系统人流和物流系统；工艺管路系统；维护结构及静电地面处理等各方面所要求的实施内容组成，形成空调净化系统工程所包含的整个设备和器材的配套和建筑安装内容。
无尘车间动线规划要点：要检讨分析人车路径、配管系统、排气管道、原料搬运和作业的流程等，尽量缩短动线，并避免交叉，以防止交叉污染。作业者、化学药品、材料等动线勿集中；无尘车间四周，宜设缓冲区；制造装置的出入，不要对作业产生大影响。
所谓无菌病房，换言之就是经过医疗净化工程升级或建设的现代层流洁净护理室，即是指通过层流净化空调系统提供的无菌无尘化环境而用以收治因骨髓移植等免疫力极度低下患者的洁净场所。虽然与平日里整天收治危重危急病人的洁净手术室相比，其表面可能看似略显平淡无常，但是实际上其每天亦在发挥着非常关键且意义重大的作用。
医疗净化工程无菌病房(层流护理室)建设，日常于医院之中主要用于预防性隔离，譬如接受过化学疗法的白血病患者，恶性肿瘤经治疗造成白血球减少的患者，再生不良性贫血造成的白血球减少的患者，接受脏器移植前后给予免疫抑制剂的患者，放射线伤害造成的白血球减少的患者以及免疫不全、严重烧伤、具有呼吸器官疾病的患者等。其目的在于预防被感染。