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水箱自洁消毒器细菌膜有许多通道。通过这些过道，细菌得以成长。这些通道是由单个分子复合体组成，能够让离子通过。离子通道的调节影响细菌的生命。含菌液体流过强电场，致使瞬间变化电流通过液体，在导电通路上的细胞被高速运动的电子冲击致死，达到灭菌的目的。

水箱自洁消毒器同时由于微电解原理，通过电化学反应，使水中溶解的水分子产生以下强氧化性物质：臭氧（O3），活性氧（O）、等。上述氧化性物质通过扩散和循环对水箱、水池中的所有水及水箱、水池内壁进行处理，破坏水中及水箱、水池内壁的细菌、藻类微生物细胞，达到消毒、灭藻、仰菌的效果。