天然肠衣是用家畜的大、小肠经刮制而制成的，它坚韧、半透明。天然肠衣弹性好，保水能力强，可放心食用。人造肠衣的弹性差、伸缩性和透气性都较差，填充量也是固定的，高温下有塑胶异味。
一般来说，灌肠用的肠衣是以猪肠子为主的比较好，猪肠子的可扩容性较好。羊肠衣有味，可能有些人不是很喜欢。猪肠衣比较常见，口味是符合大众的。适合做红肠之类的，粗的。而羊肠衣比较细、软、薄，适合做烤肠的，小的。但是，不能说猪肠衣一定比羊肠衣好。具体看个人喜好。有人会得的羊的味道比较重，不喜欢，但还有人觉得羊的比较补。
除了胶原肠衣外，人工肠衣一般不可食用。即使可食用的胶原外壳是可食用的，添加剂也很容易造成潜在的安全危害。加入甘油和防腐剂，采用增味、耐高温等新技术。这些过程是否安全也应受到管理部门的高度重视。
选择香肠时，首先要注意灌水。天然香肠的表面会发现明显的血管和经络，而人工香肠则非常光滑，没有任何痕迹。