冷藏集装箱是指具有隔热的箱壁（包括端壁和侧壁）、箱门、箱底和箱顶，能阻止内外热交换的集装箱。冷藏集装箱包括耗用冷剂式冷藏集装箱、机械式冷藏集装箱、制冷/加热集装箱、隔热集装箱以及气调冷藏集装箱等。
隔热集装箱的特点是箱体本身结构简单，箱体货物有效装载容积率高，造价便宜。适合大批量、同品种冷冻或冷藏货物在固定航线上运输。其缺点是缺少灵活性，对整个运输线路上的相关配套设施要求高。
气调冷藏集装箱具有一般机械式冷藏集装箱的所有制冷功能，同时装有一种气调设备，可以调节和控制箱体内的空气成分，以减弱新鲜果蔬的呼吸强度，从而减缓果蔬的成熟进度，达到保鲜的目的。
气调保鲜的关键是调节和控制货物储存环境中的各种气体的含量。最常见的是用充氮降氧方法来降低环境中的氧气含量，控制乙烯含量，减缓果蔬成熟。气调冷藏集装箱的气密性要求较高，一般要求漏气率不超过2m³/h。
采用气调冷藏集装箱运输具有保鲜效果好、储藏损失少、保鲜期长和对果蔬无任何污染的优点。但由于采用气调设备后，技术要求高，冷藏集装箱价格高，因此使用还不普遍。
⒈冷藏箱装货后应检查冷藏或冷冻货的原有质量，并在货单上加以说明。
⒉在装箱过程中，应严格装货堆码原则，避免冷风短路造成降温不平衡，降低制冷装置的制冷效率。
⒊冷冻货长距离运输时，箱内设定温度与设定温度差不能超过3℃。若运送冷却货，其温度误差应不大于0.5℃，不大于0.25℃。
⒋集装箱运送新鲜水果、蔬菜等，应及时打开新风口，进行通风换气。但运送冷冻货时，应关闭新风口。
⒌在运送纸盒包装的冷却货时，应根据室外气温及湿度情况，及时进行通风，保持箱内空气的干燥，防止包装箱外表面凝露。