在台湾，珍珠奶茶是具有相当的自主性的，而珍珠奶茶店通常也以复合式经营，不单只提供红茶、绿茶、奶茶、咖啡等饮料，还有各式各样能代表各店特色的“特调饮料”，而一些常客也会创造出自己专属的口味。
调味茶：梅子（酸梅）：梅子乌龙茶、梅子红茶、梅子绿茶等。养乐多：养乐多红茶、养乐多绿茶等。
调酒材料（如薄菏糖浆、石榴糖浆等）：薄菏绿茶、石榴红茶等。
各式花茶：可单独贩售或加入奶茶，如薰衣草奶茶。
加入的材料：珍珠：即粉圆，有分大颗（波霸）及小颗。龙珠：亦称“包心粉圆”，加入一颗完整的红豆于珍珠的核心中，直径10mm以上，有“外软心脆”的口感。
椰果：如椰果红茶、椰果绿茶、椰果奶茶等。
点子：会Q的小粒方块状咖啡冻。
布丁：有以加入市售（或自制）的固体状布丁，也有些店面是以布丁粉作为调味，以奶茶最常加入布丁。
仙草（广东人称作凉粉）：有些原先于冬日卖烧仙草的店家，于夏日时转型后的产物，后来被多数店家随后跟进使用。
全冰：冰块量依各店家标准不同，放入标准的量，一般冰量如果没有特意要求店家减量，几乎都是全冰。（近半杯以上的容量都是冰块，冬天饮起来非常冰冷，也容易造成饮料先甜后淡的情况出现。）
少冰：冰块量依各店家标准不同只放一半，不过依店家习惯不同，标准不一定介定于一半，大部分顾客都会选择少冰，避免饮料先甜后淡，亦属行家的点法之一。
少少冰：又称微冰，冰块放到约只有飘浮在杯部上层的一至三层，大多是会在短时间喝完的顾客所会要求的方式之一。
去冰：只放一些冰块，让饮料于调味完成后只有冰凉感而看不见冰块；有些店家的饮料原先就已经有冰凉，则是直接不放任何冰块。
加厚：不加水稀释。