三格式化粪池由三个相互连接的密封化粪池组成，粪便从一个化粪池向下游通过粪便进水管进入流向第三个化粪池。每个储罐的一个原则是：
顶池：先拦截含卵较多的粪便，粪便发酵分化，疏松的粪块因发酵膨胀而上升，下沉更重，形成浮粪皮、中粪液、下沉粪渣。利用寄生虫比重大于粪便和尿液混合物比重的原理，使寄生虫自然沉降在化粪池底部。粪肥液的浸泡和翻转用于溶解粪肥块，将其液化，并将粪肥残渣保留在池塘底部。厌氧发酵：化粪池封闭的厌氧环境，可以分化蛋白质有机物，产生氨等物质，可以杀死寄生虫卵和病菌。
第二个池塘起着进一步发酵和沉淀的作用。与一池相比，第二池的粪皮和粪渣数量减少，因此发酵分化程度较低。由于没有新的粪肥进入，粪肥液处于相对静止的状态，有利于粪肥池中漂浮的卵不断下沉。
第三池：起储存粪肥的首要作用。前二格处理的粪液三塘进入基本无寄生虫卵和病原微生物，符合粪便无害化要求，可用于农田直接施肥。