无菌室也称接种室，是系统接种、纯化菌种等无菌操作的专用实验室。在微生物工作中，菌种的接种移植是一项主要操作，这项操作的特点就是要保证菌种纯种，防止杂菌的污染。在一般环境的空气中，由于存在许多尘埃和杂菌，很易造成污染，对接种工作干扰很大。
供试品表面，如为安瓿先用砂轮划痕后用2%碘酒棉球擦拭，再用75%乙醇棉球擦拭、待干，也可以用液浸泡。
注射器如需回抽时，应对着火焰吸入无菌空气。
在无菌操作中切勿大幅度或快速动作、拖行，以免搅动空气中尘埃微粒。
所用的器材如培养基、稀释剂配制后经湿热121℃30分钟，吸管培养皿等均应洗涤，干燥，包扎后经干热160℃2小时才能使用。
实验室布局按照要求合理地划分成清洁区、半污染区和污染区，采用人与物分别设置专用通道，设置必要的缓冲间，采用一次隔离和二次隔离等措施，能有效的避免交叉污染，从根本上防止危险性微生物的扩散;实验室装修采用可靠的材料，合理的施工措施，保证洁净实验室-生物实验室始终处于相对密封的环境，防止微生物的外逸，易于实验室的清洁，同时避免外部对实验室环境的破坏。
由于洁净实验室-生物实验室内操作对象是危险性的微生物，对人体、动植物或环境具有危害，必须通过采用合理的空气调节系统，保持洁净实验室-生物实验室的相对负压环境无论何时都不被破坏，以保证实验室内危险性微生物不能向外部环境中扩散。