无菌实验室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是缓冲室。所有的房间面积不宜过大，吊顶不宜过高，以便空气。
无菌试验室、生物实验室必须保证人身、环境、废弃物和样本，能长期而地运行，同时还为需要实验室工作人员提供一个舒适、而良好的工作环境。
无菌实验室设计的各项建筑物应坚固耐用、易于维修、易于清洁，并有能防止食品、食品接触面及内包装材料遭受污染(如有害动物的侵入、栖息、繁殖等)的结构。
为防止交叉污染，应分别设置人员通道及物料运输通道，人员通道应按洁净室通道要求严格执行，各通道应装有空气幕(即风幕)或双向弹簧门及电子灭蝇(蚊)器等防虫设施。
须将通向外界的管路、门窗和通风道四周的空隙完全充填，所有窗户、通风口和风机开口均应装上防护网。
无菌实验室的高度应能满足工艺、卫生要求，以及设备安装、维护、保养的需要。
无菌实验室应有充足的自然采光或人工照明，加工场所工作面的混合照度不应低于300lx，配料及灌装车间不应低于800lx。
无菌实验室空气处理净化设施
1、无菌实验室必须安装有效的通风设备，其空气流向应从清洁区域流向非清洁区域，采用机械通风时，换气量应大于3次/小时。
2、无菌实验室温度应控制在15~27℃之间，湿度以控制在50%以下为宜。
3、无菌实验室入口处应分别设有人员和物料的净化设施。