无菌实验室设计的各项建筑物应坚固耐用、易于维修、易于清洁，并有能防止食品、食品接触面及内包装材料遭受污染(如有害动物的侵入、栖息、繁殖等)的结构。
为防止交叉污染，应分别设置人员通道及物料运输通道，人员通道应按洁净室通道要求严格执行，各通道应装有空气幕(即风幕)或双向弹簧门及电子灭蝇(蚊)器等防虫设施。
须将通向外界的管路、门窗和通风道四周的空隙完全充填，所有窗户、通风口和风机开口均应装上防护网。
无菌实验室的高度应能满足工艺、卫生要求，以及设备安装、维护、保养的需要。
由于洁净实验室-生物实验室内操作对象是危险性的微生物，对人体、动植物或环境具有危害，必须通过采用合理的空气调节系统，保持洁净实验室-生物实验室的相对负压环境无论何时都不被破坏，以保证实验室内危险性微生物不能向外部环境中扩散。
空气调节系统必须可靠运行，采用先进技术，合理利用和节约能源与资源，保证环境的质量和，为实验人员提供所需要的温度和湿度，保障生物实验在的条件下进行，以确保实验结果得准确性。同时它还必须控制实验室的洁净度，对新风进行过滤，使实验室达到一定的净化要求。其中排风系统是重点，对于保证实验室相对负压环境和有效过滤室内污染排风起着重要的作用。