无菌实验室设计的各项建筑物应坚固耐用、易于维修、易于清洁，并有能防止食品、食品接触面及内包装材料遭受污染(如有害动物的侵入、栖息、繁殖等)的结构。
为防止交叉污染，应分别设置人员通道及物料运输通道，人员通道应按洁净室通道要求（参考上图）严格执行，各通道应装有空气幕(即风幕)或双向弹簧门及电子灭蝇(蚊)器等防虫设施。
无菌工作区有用无菌操作台，没有的话也可以用洁净工作台代替。需要放置在离门远的地方。
无菌实验室设计的地面应使用、不渗水、不吸水、防滑、无裂隙且易于清洗的建筑材料铺砌(如耐酸砖、水磨石、混凝土等)，地面应有适当坡度(以1.0~1.5%为宜)。
无菌实验室是实验室内用于无菌操作的小室，其内部装饰、条件要求更严格。 1、无菌实验室应每次使用前后用0.1%苯扎溴铵溶液或2%甲醛液擦拭工作台面及可能污染的死角，湿拖地面，打开无菌空气过滤器及超净工作台的开关30分钟，紫外线灯照射1小时。
操作人员用肥皂洗手后进入缓冲间换拖鞋，用75%乙醇棉球擦手，穿戴工作衣帽、口罩。将所需物品剥去牛皮纸及外包装，从传递窗移入操作间，再用0.1%苯扎溴铵溶液泡手后进入操作间，在乙醇(或煤气灯)火焰区(火焰高度3-5cm)操作。