每个人都有两套遗传信息，一套来自父亲，一套来自母亲。每个基因座上的两个等位基因也分别来自父亲和母亲。确定孩子的一个等位基因来自母亲后，另一个等位基因就必然来自其生父（生父基因）。疑似父亲并不带有这个生父基因的情况下，就可以排除他是孩子的生父。检查的遗传标记越多，非生物学父亲被排除的概率也就越大。