1.自我评价。企业对照《认定办法》第十一条和《工作指引》第三部分进行自我评价。自评符合条件的，可按照《认定办法》和《工作指引》有关规定和本通知要求准备申报材料。
2.注册填报。申报企业登录“高新技术企业认定管理工作网”（网址：www.innocom.）在企业申报入口进行注册登记，待注册机构确认后进行申报书的网上在线填报。已注册企业无需重新注册，可用原用户名和密码登录系统进行申报。
3.网上提交。企业在“高新技术企业认定管理工作网”，按系统要求填写认定申报信息、逐一上传附件材料（附件材料须清晰、可辨），并及时通过网络提交到省认定机构，完成网上填报。
4.纸质材料提交。企业通过“高新技术企业认定管理工作网”生成并打印《高新技术企业认定申请书》，并提供相关附件材料。附件材料须与申请书所填内容对应，并本着“与认定条件紧密相关”的原则，尽量精洁、扼要，跟认定条件无关的附件材料如科技人员的学历证书等一律无需提报，申报材料内容及要求见附件2。按照属地原则，国家高新区外企业将纸质材料提交至所在市科技局，国家高新区（含黄三角农高区）内企业将纸质材料提交至所在高新区科技部门，企业还须妥善留存一份纸质申报材料备查。对涉密企业，应按照国家有关保密工作规定，将申报材料做脱密处理，确保涉密信息。
5.材料审核。科技部门收到企业申报材料后，要通过现场考察、调阅相关资料等方式对申报材料中知识产权、近三年项目研发活动和成果转化情况、2018年度的科技活动人员和高新技术产品（服务）情况、研发组织管理水平等内容的真实性、合规性进行认真审核把关，客观记录核查中发现的问题，填写好《高新技术企业认定申报核实意见表》（附件3，装订在申报材料首页）。现场核实情况与申报材料不一致的企业，不得推荐上报。同时，加强与当地安监、环保、质监等部门的信息沟通，对企业申请认定前一年内是否发生重大、重大质量事故或严重环境违法行为进行审核把关。
6.汇总推荐。各市科技局、各国家高新区须正式行文出具推荐函，推荐函、推荐汇总表（各一式四份）以及企业认定申请材料（一份）按受理时间节点统一报送至省认定办，同时将企业上报的认定申请纸质材料存档一份备查；推荐函及推荐汇总表连同各企业认定申请材料同时抄送同级财政和税务部门，