医疗废水含有较多的有机污染物，如蛋白质、脂肪和糖类，还含有洗涤剂以及病原微生物的寄生虫卵等，水质浓度较为稳定。根据污水的排放特点及水质情况，设计采用“水解酸化——接触氧化”法工艺。
废水进入水解酸化池以后因水解和酸化作用，提高了BOD/COD的比值，促进了好氧段生化的进行。同时，污泥对COD的吸附作用可降低一部分COD。
生物接触氧化池设计采用成熟的接触生化技术，使生物膜固化于填料上，固化生物膜可减少生物的流失量，使污泥产生量明显减少，减轻了污泥处理的负担。
受环境的制约，二沉池采用竖流式沉淀池，出水自流进入沉淀池，主要沉淀去除接触氧化池脱落的生物膜等，从而保证系统的出水水质。
二沉池部分污泥回流至接触氧化池；二沉池剩余污泥进入污泥池，定期由吸粪车抽走外运。