控制系统：是整个洁净实验室-生物安全实验室安全运行的神经中枢。由于洁净实验室-生物安全实验室的实验对象是危险性的微生物，出于严格控制污染的原则，它要求以少的维护人员，运用化的管理维护手段，来实时监控每一个实验室中设备所处的物理环境，保证实验室运行过程中始终处于相对负压环境，防止危险性微生物外泄。
整体性：“整体洁净实验室-生物安全实验室”为客户提供的是一站式“交钥匙”工程，降低了采购成本，可减少客户大量的精力、物力和人力的投入，客户无需考虑过多的技术细节问题。有了整体洁净实验室-生物安全实验室解决方案，就如同为客户提供一个统一的界面，将所有的设备供应商、工程承包商、服务供应商整合在一起，系统化的进行设备配置，保证了整个洁净实验室-生物安全实验室的容量和设备间的配套，满足当前和未来发展的需要。此外为用户提供的合同制的服务，保障了用户得到长期的甚至终生的服务维护，充分保证了客户投资的利益。
空气质量要求
无菌洁净实验室要求室内空气洁净无菌，通常采用过滤器、紫外线灯和负压等技术确保空气质量。根据不同的实验要求，空气质量级别和精度要求也不同。如何保证实验室空气中的微生物和颗粒不污染实验结果，是无菌洁净实验室设计的重点。
为使物料流快速、顺畅地流通，无菌洁净实验室的设计必须符合合理路径设计。路径设计应该考虑到人员的流动方便，同时确保物料不需经过“干净”和“脏”区域。
重点控制点
在无菌洁净实验室内，需要指定特定的重点控制点，确保实验物料和人员没有潜在的污染源。这些重点控制点包括，设备接口、设备运转、洗手间、实验室物品搬运等。