空气调节系统：是洁净实验室-生物安全实验室安全运行的关键。由于洁净实验室-生物安全实验室内操作对象是危险性的微生物，对人体、动植物或环境具有危害，必须通过采用合理的空气调节系统，保持洁净实验室-生物安全实验室的相对负压环境无论何时都不被破坏，以保证实验室内危险性微生物不能向外部环境中扩散。空气调节系统必须可靠运行，采用先进技术，合理利用和节约能源与资源，保证环境的质量和安全，为实验人员提供所需要的温度和湿度，保障生物实验在安全的条件下进行，以确保实验结果得准确性。同时它还必须控制实验室的洁净度，对新风进行过滤，使实验室达到一定的净化要求。其中排风系统是重点，对于保证实验室相对负压环境和有效过滤室内污染排风起着重要的作用。
高安全性：统一协调了各个设备供应商、工程承包商和服务提供商，把与整个洁净实验室-生物安全实验室建设过程相关联的多个环节、合作伙伴统一协调起来。整个洁净实验室-生物安全实验室建设过程都是在公司的统筹安排下进行，统一了各个方面的意见，消除了因意见不统一造成设计、施工过程中各自为证，导致建设过程出现安全隐患、返工等的弊病，保证了洁净实验室-生物安全实验室的严密性，使其能长期安全运行。
排风和通风系统
除了空气过滤和处理外，排风和通风系统也是无菌洁净实验室必备的一部分。它们确保了实验室内的新鲜空气、适当湿度和温度，并将不相关的空气和污染物排出到室外。通常，实验室设计者需要根据实验室的大小和使用情况，确保适当的空气流速和换气率。
墙壁、地面和设备
无菌洁净实验室的墙壁、地面和设备的材料、表面光滑度和清洁度也是设计中重要的因素。这些都必须耐用、易清洁和抗腐蚀。有些实验室需要额外的设计，以便在实验结束后轻松清洁，例如采用洁净间或洁净区等。