空气调节系统：是洁净实验室-生物安全实验室安全运行的关键。由于洁净实验室-生物安全实验室内操作对象是危险性的微生物，对人体、动植物或环境具有危害，必须通过采用合理的空气调节系统，保持洁净实验室-生物安全实验室的相对负压环境无论何时都不被破坏，以保证实验室内危险性微生物不能向外部环境中扩散。空气调节系统必须可靠运行，采用先进技术，合理利用和节约能源与资源，保证环境的质量和安全，为实验人员提供所需要的温度和湿度，保障生物实验在安全的条件下进行，以确保实验结果得准确性。同时它还必须控制实验室的洁净度，对新风进行过滤，使实验室达到一定的净化要求。其中排风系统是重点，对于保证实验室相对负压环境和有效过滤室内污染排风起着重要的作用。
检测方案：是洁净实验室-生物安全实验室长期安全运行的保证。由于洁净实验室-生物安全实验室的特殊性，除了进行严格的设计、施工、调试外，为确保其安全性，必须对其进行必要的工程检测和严格的验收，达到安全要求和使用要求后才可投入运行。另外，使用过程中的一些因素，如非专业的管理和使用，过滤器的更换等，都会对实验室的安全性产生影响，因此，使用中的定期检测与同样重要。
将无菌洁净实验室划分为多个区域，根据物料流的不同阶段进行分类。这有助于防止交叉污染，并有助于建立的操作手续。这些区域通常包括接收区、材料前处理区、制备区、包装区、存储区和洁净间区等。
安装门窗壁板和空气过滤器
安装门、窗、壁板和空气过滤器，关键点在于安装时的密封性。空气过滤器的过滤面积和抗卷弯度必须满足实验室的设计要求，以确保空气质量符合要求。
安装排风通风系统
需要采用合适的排风通风系统确保无菌洁净实验室负压，以及空气流动方向和空气流速等参数的控制。在安装排风通风系统时，需要确保不同区域的风机和排气管道连接正确和布置合理。