虽然奶茶一般包含了牛奶，但有些奶茶中的奶却并非是牛奶，而是用植脂末代替的。植脂末的主要成分有氢化植物油、葡萄糖浆、酪朊酸钠和硅铝酸钠，而部分氢化植物油则含有反式脂肪酸。科学研究表明，反式脂肪酸的摄入量和心血管疾病发病率呈正相关。《中国居民膳食指南》建议每日反式脂肪酸摄入量不超过2克。用植脂末做的奶茶，每300毫升（相当于中杯奶茶）中就有0.5-2.7克的反式脂肪酸，如果长时间喝奶茶会提高患上心血管疾病的风险。
此外，一杯奶茶的含糖量也不容小觑。
除了反式脂肪酸和糖，打造奶茶良好风味和口感的另外一个因素就是脂肪，但是摄入过量的脂肪会引发肥胖。在带有奶盖的奶茶中，脂肪含量尤其高，平均值为7克/100毫升。成人每日推荐摄入的脂肪小于60克，我们喝这样一杯奶茶相当于摄取了两顿饭的脂肪。所以奶茶虽然好喝，但还是适量为宜。