保证责任不同：履约保函保证施工方履行整个工程建设合同的责任和义务，而预付款保函则特定于保证施工方履行扣还预付款的义务。

担保时间不同：履约保函的担保时间往往贯穿整个项目，时间较长；而预付款保函的担保时间通常较短，一般为30-90天，与预付款的扣还周期相匹配。